La temporada 2003-2004 Muñoz passa a entrenar al femenà del Girona FC durant dues temporades en la categoria de primera divisió nacional aconseguint la quarta posició els dos anys. El mateix any entrena el cadet del Sà bat en la categoria de preferent catalana. La temporada 2005-2006 Muñoz entrena la UD Anglès de primera regional, que acaba l'any en tercera posició.
La temporada següent, 2006-2007, Miquel Ãngel Muñoz entrena altra vegada el juvenil B del Girona FC, aconseguint ascendir a lliga nacional i quedant campió de Catalunya. Alterna les seves funcions amb la reincorporació activa al cos tècnic del primer equip del Girona FC (ja hi havia estat la temporada 1999/2000), aconseguint lÂascens de lÂequip a Segona B.
