La Fiscalia Superior de Catalunya ha demanat que el Tribunal Superior de Justícia de Catalunya (TSJC) citi a declarar com a investigada i processada a la consellera de Cultura, Natàlia Garriga, en relació a l'organització del referèndum de l'1-O per un delicte de malversació de fons públics i potser també per desobediència. Garriga era investigada pel jutjat d'instrucció número 13 de Barcelona per la seva tasca com a directora de serveis de Vicepresidència el 2017. El TSJC va assumir la investigació sobre ella en ser nomenada consellera, i ara la Fiscalia li vol prendre declaració indagatòria, ja que la instrucció està pràcticament acabada. La resta de la causa, excepte per a Josep Maria Jové i Lluís Salvadó, seguirà al mateix jutjat.

Garriga havia demanat al TSJC que assumís la seva causa i l'agrupés amb la que ja té oberta contra Lluís Salvadó i Josep Maria Jové, també exalts càrrecs de Vicepresidència el 2017. Al juliol, el tribunal no va acceptar aquesta petició concreta, però sí que va obrir una nova peça exclusiva per a Garriga. En concret, sosté que la causa contra Salvadó i Jové està en fase de conclusió sumarial i en aquest no apareix Garriga. La resolució assegurava que la consellera "no té legitimació processal" per sol·licitar la inhibició i l'acumulació a un sumari que ja ha conclòs i que es dirigeix "contra altres persones".

Segons la Fiscalia, Garriga, com a directora de serveis i sota la direcció de l'aleshores secretari general, Josep Maria Jové, va permetre l'adjudicació de diversos contractes menors per fer les obres de condicionament d'un 'call center' annex al CTTI perquè fos un centre de recollida de dades de la votació de l'1-O. De fet, el ministeri públic recorda que el 31 de març del 2017 Garriga va enviar diversos correus electrònics a persones diferents per informar-los d'aquest fet.

Poc abans del referèndum, Garriga hauria fet d'enllaç entre Jové i Mercè Martínez, responsable de Projectes Organitzatius i Territorials de Vicepresidència, i hauria aconseguit la cessió d'unes naus industrials a Bigues i Riells (Vallès Oriental) per emmagatzemar-hi milions de paperetes i prop de 6.000 sobres amb documentació electoral. El 6 de setembre del 2017, quan el Parlament va aprovar el referèndum, va parlar amb Josuè Sallent, director d'Innovació del CTTI, i li va demanar la contrasenya d'usuari per accedir a la web referèndum.cat. A més, li va demanar que més endavant s'hauria d'eliminar l'exigència d'usuari i contrasenya perquè tothom pogués accedir lliurement a la web.