L'excavació del túnel, que té una secció lliure de 86 metres quadrats, es farà en mina mitjançant un procediment consistent en la perforació amb mitjans mecànics o altres mètodes. Després de l'excavació, s'executa el sosteniment de la secció excavada mitjançant la col·locació de peces metàl·liques pesades, denominades cintres, i posteriorment es duu a terme una projecció de formigó, de 350 quilos/cm2 de resistència, armat amb fibres metàl·liques, i amb espessors d'entre 20 i 35 centímetres, segons les característiques del terreny travessat.
La construcció s'ha iniciat amb l'excavació en la boca nord i l'execució de la boca i les pantalles laterals de la boca sud. El procediment d'excavació es dividirà en dues fases, la d'avanç, que permetrà obrir la part superior de la galeria una altura de sis metres, amb l'objectiu de facilitar la maniobrabilitat de la maquinària i les tasques de sosteniment.
Després del calat de la fase d'avanç, es portarà a terme la destrossa, consistent en la perforació de la part inferior per a finalitzar la contravolta amb el revestiment de l'estructura, de 40 centímetres d'espessor i per al qual s'utilitzarà formigó en massa.
A més del túnel de Figueres, el tram Borrassà-Figueres compta amb altres infraestructures singulars, entre les quals destaca un Lloc d'Avançament i Estacionament de Trens (PAET), emplaçat a la boca sud del túnel, i cinc viaductes; sobre l'accés Figueres Sud (50 metres), sobre la Riera d'Alguema (245 metres), sobre el Rec Aragal (245 metres), sobre el riu Manol (125 metres) i sobre la Riera de Figueres (30 metres). També destaquen dues estructures de permeabilitat, de 105 i 75 metres de longitud respectivament.
