Se li gira feina a Joan Laporta. El tècnic del Barça Atlètic, Rafa Márquez ha arribat a un acord amb el Barça per a la desvinculació del seu contracte i posarà rumb cap a Mèxic, on serà l'assistent de Javier Aguirre a la selecció. El tècnic mexicà ha deixat plantat el club a un dia de començar la pretemporada, i obliga a buscar un relleu amb celeritat, que a hores d'ara encara no està tancat. El juny Márquez havia renovat per una temporada més.
L'entrenador del filial va fer-se càrrec de la banqueta l'estiu del 2022. En els dos cursos s'ha quedat amb la mel als llavis de pujar. En la primera temporada, va caure a les semifinals contra el Real Madrid Castella. En el segon curs, amb l’equip més jove de la Primera Federació (poc més de 19 anys de mitjana) l’equip va avançar fins a la final del Play-off. Després de l’1-1 de l’anada contra el Córdoba, el filial blaugrana va caure al Nuevo Arcángel (2-1), en la tornada.
Tot i la desfeta, tant Joan Laporta com Deco estaven satisfets amb Márquez, i de fet va ser un dels noms que van sonar com a relleu de Xavi a la banqueta del primer equip. Les dues parts van renovar el vincle aquest mes de juny, però no hi va haver foto, un detall que finalment ha agafat forma de presagi. En els 82 partits dirigits ha fet un balanç de 40 victòries, 21 empats i 21 derrotes.