En aquest sentit, s'obre diàriament un dels desguassos de fons, de dilluns a divendres entre les 18 i les 24 hores. L'elecció d'aquesta franja horària respon a la necessitat de garantir la major estabilitat de la temperatura de l'aigua en la seva circulació per la llera fins arribar a Susqueda. La temperatura de l'aigua és, a hores d'ara, un paràmetre clau per assegurar que la massa d'aigua transvasada se situa al nivell desitjat a l'embassament de Susqueda.
Des de finals de 2007, l'Agència Catalana de l'Aigua, de forma coordinada amb ATLL, i amb l'assessorament dels departaments de Biologia i d'Ecologia de les universitats de Barcelona i de Girona respectivament, està realitzant el seguiment de la qualitat de l'aigua al sistema d'embassaments SauSusqueda.
L'objectiu d'aquest seguiment és definir en tot moment la estratègia de gestió més adient per a la preservació de les aigües embassades en les millors condicions possibles de cara a la seva posterior potabilització.

