El conseller de Polítiques Digitals i Administració Pública, Jordi Puigneró, també es veu esquitxat en la causa de l'1-O que instrueix el jutjat d'instrucció 13 de Barcelona. Segons publiquen diversos mitjans, un informe de la Guàrdia Civil el vincula amb la posada en marxa de les pàgines webs del referèndum, i l'acusa "d'entorpir" la tasca de la justícia. Així mateix, l'Institut Armat considera que Puigneró va fer cas omís "reiteradament" a les ordres judicials relacionades amb la difusió del referèndum. 

La Guàrdia Civil sosté que Puigneró coneixia de la "il·legalitat" dels procediments que estava promovent. Entre ells, la possibilitat que s'obrissin altres dominis web quan van tancar la pàgina web referendum.cat. Puigneró va ser director del Centre de Telecomunicacions i Tecnologies de la Informació durant l'organització de referèndum.