També se'l recorda per la bel·ligerància amb què l'expresident del Parlament Europey s'ha posicionat contra l'independentisme i TV3. "Al franquisme les coses serien molt pitjors per a l'independentisme", va dir en una entrevista al canal de televisió Arte HD.
Durant un dels mítings amb el PSC a la campanya del 21-D, Borrell també va dir que era l'hora de passar "el desinfectant" per deixar enrere el procés independentista, i després ja arribarà el moment de recosir ferides. Li va demanar a Iceta que havia de "desprocessar Catalunya", i que una part d'aquesta feina havia de recaure sobre TV3.El vídeo de la vergonya. Josep Borrell dient entre somriures i rialles que 'al Franquisme les coses serien molt pitjors per l'independentisme'. És vomitiu.
— Andrés da Silva (@asj_dasilva) 1 de gener de 2018
Qui us ha vist i qui us veu, PSC, seguint-li el joc a l'extrema dreta. pic.twitter.com/q8DsZNps5o
"Sé que tu ets molt bona persona i els voldries perdonar de seguida, però l'han fotut molt grossa", va remarcar sobre el presos polítics, mentre apuntava que "les coses sense desinfectar-les es podreixen". Per últim, va donar la fórmula: "S'ha de passar bé el desinfectant i després naturalment s'haurà de cosir".