Les universitats i els centres de recerca de Catalunya també s'han pronunciat. L’Associació Catalana d’Universitats Públiques (ACUP), que representa una seixantena d’institucions del món del coneixement, ha denunciat que la intervenció de les finances de la Generalitat executada pel govern espanyol "posa en risc l'activitat acadèmica i de recerca".

En un comunicat, fet públic després de la reunió convocada aquest dijous, l'ACUP recorda al ministre d'Hisenda, Cristóbal Montoro, que el bloqueig dels comptes catalans "malmet tant la reputació com la credibilitat internacional" de les universitats i els centres de recerca. Aquestes institucions han comprovat com se'ls blocava i es posava sota control l’activitat de gestió econòmica ordinària sense cap mena de comunicació prèvia.

En el text es reclama una revisió urgent de les accions coordinades per Montoro. Els firmants exigeixen "a les autoritats competents de l’estat espanyol la reversió immediata d’aquestes mesures, totalment insòlites i inacceptables". També detallen que "comunicaran a les instàncies europees i internacionals la greu situació de crisi derivada d’aquestes actuacions".