L'excepcionalitat d'aquesta troballa és que durant aquest període les esglésies solien tenir la nau pintada o alguna capella però no és habitual que ho estiguessin totes. El responsable de les cales, Rudi Ranesi, ha explicat que han trobat unes restes de pintures que tant per tècnica, semifresc, com per la iconografia, fan pensar que poden pertànyer al segle XIII.
Ha estat una sorpresa tant per els restauradors com per les administracions implicades en la restauració d'aquesta església la troballa de les restes de pintures que podrien datar del segle XIII. Inicialment la intenció era buscar restes de pintura mural barroca a la resta de parts del temple com les que es conserven en algunes parts. Finalment, però, han acabat trobant restes de pintures medievals que fan pensar que totes les parets estaven pintades.
Ranesi ha explicat que han trobat alguna resta de pintura i elements que indiquen que hi havia aquests murals sota l'emblanquinat de calç però la majoria d'aquestes pintures s'han perdut al llarg del temps. Per tant, malauradament és impossible fer-les sortir a la llum i poder veure el temple com suposadament era el segle XIII.
El restaurador també ha detallat quins són els elements tant per tècnica com iconogràfics que el porten a pensar que daten del segle XIII a l'espera de resultats de proves tècniques. D'una banda es tracta de l'aglutinador que van fer servir pels pigments en les les pintures, conegut amb el nom de semifresc, que tot i que també es feia servir en períodes anteriors i posteriors és molt típica de l'època. També perquè seguiria l'exemple d'altres obres pictòriques de l'època que hi ha al país, com la conquesta de Mallorca al saló del Tinell.
També la iconografia els porta a sospitar que daten d'aquest període. Hi ha un element que Ranesi ha definit com a 'peculiar' que és que hi ha un 'marbrejat', un conjunt de pintures que emulen peces de marbre, sobre una volta d'una de les capelles. Encara que no era habitual col·locar-les a tanta distància del terra ha explicat que en la pintura de la conquesta de Mallorca també hi són. Aquests carreus i les vetes decoratives són les que fan sospitar que les pintures pertanyen al XIII.
D'altra banda també han sortit a la llum pintures de l'època barroca, que són les que inicialment esperaven trobar. N'hi ha, sobretot, a la segona capella on han trobat restes de pintures relativament ben conservades i que són les més importants de les que han trobat al conjunt del temples.
El delegat dels serveis territorials de Cultura a Girona, Miquel Sitjar, ha explicat que aquestes troballes donen suport a la voluntat que tant la Generalitat com el Consell Comarcal del Baix Empordà, l'Ajuntament de Cruïlles i el Bisbat van posar de relleu de volen convertir aquesta església en un punt 'estratègic' que articuli el patrimoni de la comarca. Es tracta d'un temple que havia caigut en desús i que estava molt deteriorat.
Malgrat la conjuntura econòmica actual, Sitjar ha assegurat que les administracions i entitats que treballen per 'fer justícia' i posar el temple al lloc que es mereix buscaran la manera de tirar endavant les obres de restauració, tant del conjunt de l'església com de les pintures que un dia van cobrir les parets.
De moment, han organitzat unes visites guiades per donar-lo a conèixer al públic que podran descobrir l'església i, alhora, veure com treballen els restauradors i va evolucionant la restauració del temple.
