08
de juliol
del
2020
Actualitzat
a les
17:11h
A principis de gener va tenir lloc una fita en la història de la ciència: els investigadors que l'havien seqüenciat van fer públic el genoma del virus SARS-CoV-2. Aquest va ser el primer genoma conegut, però només una variant de les diverses formes genòmiques que pot tenir aquest virus —el quasi organisme que ha pràcticament paralitzat el món, perquè per a reproduir-se requereix intercalar el seu genoma en el nostre.
La primera seqüència no és pas l'única. El genoma víric té un índex de mutació elevat i més en un virus de RNA, com el que ens afecta ara. Entorn el 0,02% de les bases nucleiques pot canviar en cada còpia. Pot semblar poc, sobretot si pensem que un nou virus té poques bases diferents del que procedeix. Però recordem que, en només un dia, el virus s'ha multiplicat 100.000 vegades en un pacient.
L'estudi de les seqüències obtingudes de pacients d'arreu del món—i fetes públiques— han proporcionat informació de dues menes: per traçar la filogènia de les infeccions, d'una banda; i, de l'altra, com un canvi en la seqüència (genotip) es pot traduir en la forma i el comportament del virus (fenotip); i, en conseqüència, trobar la possibilitat d'abordar-lo i aturar-lo.
Així doncs, la distribució geogràfica de les variants del genoma víric dibuixa un arbre de parentiu sobre el mapamundi. S'han pogut inferir quatre conclusions. Que els brots de les diferents zones geogràfiques estan relacionats estretament. Que en les diverses comunitats on s'han generat brots, la primera onada ha estat ocasionada pel virus introduït en una migració. Que confinant-nos hem trencat el patró de distribució. I que les segones onades han estat també reintroduccions per desplaçament. L'esforç, per tant, ha de ser global.
Per a comprendre la traçabilitat de la mutació vírica, recomano el vídeo Rere de la petjada de Darwin elaborat a la Universitat de València, que explica el Cas Maeso. Maeso era l'anestesista inculpat per haver infectat amb el virus de l'hepatitis C a gairebé tres-cents pacients, als qui adormia inoculant els anestèsics amb la mateixa xeringa amb què ell s'havia injectat.
Reprenent el fil, de vegades una mutació pot reflectir-se en un canvi en l'estructura i el comportament d'un organisme. Cal tenir en compte que, perquè una mutació es mantingui en el virus —com en qualsevol organisme— ha de proporcionar un avantatge evolutiu.
Una variant del SARS-CoV-2 ha produït un canvi d'aminoàcid en la proteïna S de la corona, la clau que obre el pany de les cèl·lules respiratòries humanes. Aquesta variant sembla que és ara la forma més freqüent de la pandèmia, per l'èxit en la seva forma d'infecció: el virus es manté més temps en les vies respiratòries altes dels pacients, cosa que el fa més infecciós. Però no més greu.
Altres mutacions trobades arreu del món mostren un patró convergent. És a dir, han aparegut determinades variants a un ritme superior del que caldria esperar si només intervingués l'atzar. Això vol dir que han afavorit la supervivència del virus. En alguns casos n'han afavorit la disseminació provocant més símptomes: esternuts i estossegades.
Ara bé, aquests estudis encara estan en curs, per la qual cosa també es rebaixa el grau de resolució de les troballes. En alguns casos, perquè l'estudi és fet in vitro i encara no s'ha traçat l'impacte de la mutació en la transmissió real. En altres, perquè les mateixes bases de dades de seqüències del genoma víric estan esbiaixades: se seqüencien més mostres de pacients amb símptomes més greus, cosa que fa difícil atribuir a la gravetat de la malaltia a mutacions particulars.
Però, en qualsevol cas, aquests estudis proporcionen una comprensió mecanicista del virus que ajuda a determinar quines implicacions poden tenir les mutacions trobades en el desenvolupament de vacunes, tractaments i tests diagnòstics.
Alhora, mentre esperem la vacuna, va actuant la llei que fa evolucionar els patògens cap a una forma més benigna: no els afavoreix matar l'amfitrió, especialment abans d'haver-se transmès.
Però no ens relaxem, mentre la natura i la recerca fan el seu camí; protegim-nos i protegim els altres amb mascaretes i mantenint la distància social. I reconeguem la necessitat de traçar els casos afectats per a detectar la transmissió i poder tornar a controlar les següents onades.
La primera seqüència no és pas l'única. El genoma víric té un índex de mutació elevat i més en un virus de RNA, com el que ens afecta ara. Entorn el 0,02% de les bases nucleiques pot canviar en cada còpia. Pot semblar poc, sobretot si pensem que un nou virus té poques bases diferents del que procedeix. Però recordem que, en només un dia, el virus s'ha multiplicat 100.000 vegades en un pacient.
L'estudi de les seqüències obtingudes de pacients d'arreu del món—i fetes públiques— han proporcionat informació de dues menes: per traçar la filogènia de les infeccions, d'una banda; i, de l'altra, com un canvi en la seqüència (genotip) es pot traduir en la forma i el comportament del virus (fenotip); i, en conseqüència, trobar la possibilitat d'abordar-lo i aturar-lo.
Així doncs, la distribució geogràfica de les variants del genoma víric dibuixa un arbre de parentiu sobre el mapamundi. S'han pogut inferir quatre conclusions. Que els brots de les diferents zones geogràfiques estan relacionats estretament. Que en les diverses comunitats on s'han generat brots, la primera onada ha estat ocasionada pel virus introduït en una migració. Que confinant-nos hem trencat el patró de distribució. I que les segones onades han estat també reintroduccions per desplaçament. L'esforç, per tant, ha de ser global.
Per a comprendre la traçabilitat de la mutació vírica, recomano el vídeo Rere de la petjada de Darwin elaborat a la Universitat de València, que explica el Cas Maeso. Maeso era l'anestesista inculpat per haver infectat amb el virus de l'hepatitis C a gairebé tres-cents pacients, als qui adormia inoculant els anestèsics amb la mateixa xeringa amb què ell s'havia injectat.
Reprenent el fil, de vegades una mutació pot reflectir-se en un canvi en l'estructura i el comportament d'un organisme. Cal tenir en compte que, perquè una mutació es mantingui en el virus —com en qualsevol organisme— ha de proporcionar un avantatge evolutiu.
Una variant del SARS-CoV-2 ha produït un canvi d'aminoàcid en la proteïna S de la corona, la clau que obre el pany de les cèl·lules respiratòries humanes. Aquesta variant sembla que és ara la forma més freqüent de la pandèmia, per l'èxit en la seva forma d'infecció: el virus es manté més temps en les vies respiratòries altes dels pacients, cosa que el fa més infecciós. Però no més greu.
Altres mutacions trobades arreu del món mostren un patró convergent. És a dir, han aparegut determinades variants a un ritme superior del que caldria esperar si només intervingués l'atzar. Això vol dir que han afavorit la supervivència del virus. En alguns casos n'han afavorit la disseminació provocant més símptomes: esternuts i estossegades.
Ara bé, aquests estudis encara estan en curs, per la qual cosa també es rebaixa el grau de resolució de les troballes. En alguns casos, perquè l'estudi és fet in vitro i encara no s'ha traçat l'impacte de la mutació en la transmissió real. En altres, perquè les mateixes bases de dades de seqüències del genoma víric estan esbiaixades: se seqüencien més mostres de pacients amb símptomes més greus, cosa que fa difícil atribuir a la gravetat de la malaltia a mutacions particulars.
Però, en qualsevol cas, aquests estudis proporcionen una comprensió mecanicista del virus que ajuda a determinar quines implicacions poden tenir les mutacions trobades en el desenvolupament de vacunes, tractaments i tests diagnòstics.
Alhora, mentre esperem la vacuna, va actuant la llei que fa evolucionar els patògens cap a una forma més benigna: no els afavoreix matar l'amfitrió, especialment abans d'haver-se transmès.
Però no ens relaxem, mentre la natura i la recerca fan el seu camí; protegim-nos i protegim els altres amb mascaretes i mantenint la distància social. I reconeguem la necessitat de traçar els casos afectats per a detectar la transmissió i poder tornar a controlar les següents onades.