El sistema operatiu consistia, en essència, a desviar el cobrament d'alguns permisos, que anaven a parar a un compte bancari al qual només hi tenia accés una persona del departament  de Tresoreria. La investigació feta per l'empresa pública catalana ha descobert que des de l'any 2007 fins el mes passat s'haurien sostret un total de 207 xecs que han estat cobrats de manera irregular amb càrrec a un compte bancari fora del control de l'empresa. En algun cas, aquests diners s'han fet servir per pagar compres personals al Corte Inglés de Barcelona, segons ha pogut saber Nació Digital de fonts de la investigació. L'import total d'aquest presumpte frau econòmic és de 513.107 euros. Gisa ha tramès aquestes dades i la documentació recollida a la Direcció General de la Policia, i s'ha posat a disposició de la investigació policial i de les autoritats judicials i ha estat aquesta passada nit quan s'ha detingut una de les responsables del departament de finnaces.

Aquestes irregularitats s'han detectat després de l'establiment de la nova estructura directiva de GISA el passat mes de febrer, que ha emprès una política de contrast dels números de l'empresa.

Una de les primeres actuacions que va dur a terme la nova direcció va ser encarregar una auditoria sobre l'estructura de l'organització, la gestió dels recursos, els sistemes d'informació i de qualitat, i els procediments de gestió econòmica de l'entitat.

La investigació d'aquest últim àmbit és la que ha detectat les irregularitats comptables denunciades.