La tragèdia de l'avió Yak-42 encara persegueix Federico Trillo i el PP. El Consell d'Estat ha responsabilitzat el ministeri de Defensa per l'accident aeri que va suposar la mort de 62 militars espanyols el maig del 2003, quan es va estavellar a Turquia, sent Trillo ministre de Defensa. El Consell d'Estat fa un reconeixement de la responsabilitat patrimonial de l'estat espanyol en l'accident. La decisió del principal òrgan consultiu de l'Estat ha fet que el PSOE i Podem hagin demanat ja el cessament fulminant de Federico Trillo com a ambaixador a Londres, càrrec que exerceix des de l'arribada al poder de Mariano Rajoy. Els socialistes també exigeixen la compareixença urgent dels ministres de Defensa i d'Exteriors.

L'accident va provocar un llarg enfrontament entre els familiars de les víctimes i el govern espanyol, a través dels tribunals. L'Audiència Nacional espanyola va resoldre arxivar el procediment penal contra sis militars per delicte d'imprudència amb resultat de mort. El Consell d'Estat, en el seu dictamen, assegura que la causa de la tragèdia va ser l'estrès i l'esgotament dels pilots. També l'Audiència afirmava això, però mentre el tribunal carregava tota la responsabilitat en l'empresa contractada per realitzar el vol, Namsa, el Consell d'Estat afirma que s'havia d'haver previst la situació d'"especial risc" que es vivia i que des del ministeri "haguessin pogut ser advertides circumstàncies que haurien dut a l'adopció pels òrgans competents de mesures" que haguessin pogut evitar la desgràcia.   

Els militars tornaven d'una missió especial a l'Afganistan. Eren els anys del trio de les Açores i de la implicació de José María Aznar en la guerra de l'Iraq al costat dels Estats Units. Des d'aleshores, la mort dels 62 militars empaita l'exministre de Defensa. Trillo era un dels dirigents més rellevants del Partit Popular i alhora una persona vinculada a l'Opus Dei.