El Tribunal Constitucional ha admès a tràmit els recursos d'empara d'Oriol Junqueras, Raül Romeva i Dolors Bassa contra la decisió del Tribunal Suprem de denegar l'aplicació de l'amnistia, amb l'argument que la malversació de l'1-O no es pot perdonar. El ple estudiarà els recursos perquè considera que exigeix una "especial transcendència constitucional", ja que les demandes dels tres dirigents independentistes "poden tenir conseqüències polítiques generals".
Junqueras, Romeva i Bassa argumenten que la sala penal del Suprem ha vulnerat el dret a la legalitat penal i el dret de representació i participació política. En els recursos també demanen que se suspengui cautelarment la decisió de Manuel Marchena, de tal manera que se'ls pugui aplicar l'amnistia mentre el TC resol sobre el fons de la qüestió. En aquest sentit, el ple ha obert una peça separada i ha demanat a les parts que presentin al·legacions.
El Suprem va descartar aplicar l'amnistia als líders de l'1-O condemnats per malversació i desobediència. De fet, la desobediència sí que es va perdonar, però no delicte més greu, que implica que encara hagin de complir penes d'inhabilitació per haver gastat diners en l'organització i celebració del referèndum. La sala penal sosté que no es pot amnistiar la malversació perquè hi va haver un enriquiment personal de caràcter patrimonial, pel fet que no van gastar diners propis, sinó públics, a una acció il·legal. Els diners que es van estalviar és el que implica un enriquiment, segons la sala penal.
Aquesta interpretació, que va en contra de l'esperit de la llei i de la voluntat del legislador, també afecta la resta de dirigents condemnats per malversació, com ara Jordi Turull, i els exiliats perseguits per aquest delicte. Malgrat que no han estat jutjats, Carles Puigdemont, Toni Comín i Lluís Puig no poden tornar a Catalunya perquè es mantenen les ordres de detenció. Els independentistes confien que la majoria progressista que hi ha al TC els doni la raó i acabi revertint la decisió del Suprem.