El Tribunal de Comptes ha condemnat l'exdirector general d'Innova, Josep Prat, a reintegrar 110.000 euros a l'Ajuntament de Reus. El tribunal l'assenyala com a responsable comptable directe dels increments de sou irregulars, corresponents als exercicis entre 2009 i 2011,a les plantilles de diferents societats dependents del hòlding municipal d'empreses que controlava. 

També han estat condemnats, en qualitat de responsables solidaris, el gerent de Reus Transport, Josep Maria Adserà, i l'expoderat de l'Epel Innova, Josep Iglesias, que s'hauran de fer càrrec de retornar 47.747 euros i 18.961 euros, respectivament, interessos al marge. 

Segons quatre sentències emeses recentment pel Tribunal de Comptes, Prat i els seus col·laboradors haurien materialitzat pujades salarials en empreses públiques com Reus Transport, l'Epel Innova o Rellsa saltant-se la llei pressupostària del govern espanyol que les limitava, congelava o reduïa amb l'objectiu teòric de contenir el dèficit públic. Uns fets que va denunciar posteriorment el mateix Ajuntament de Reus arran les irregularitats detectades al hòlding per un informe de l'interventor arran la investigació judicial pel cas Innova.

El cas que més hauria perjudicat al consistori econòmicament són els increments salarials aplicats a la societat Reus Transport Públic SA en els tres exercicis que van de 2009 a 2011. Segons la ponent de la sentència, Margarita Mariscal de Gante, l'empresa va acordar pujades de sou per sobre dels límits previstos per a treballadors del sector públic que havien fixat les lleis de pressupostos generals de l'Estat. Així, mentre l'any 2009 només s'autoritzava un increment màxim del 2%, Reus Transport Públic va acabar aplicant un 2,40%; el 2011, tot i el límit del 0,3% es va arribar a l'1%; i, finalment, el 2011, amb la congelació salarial ordenada pel govern espanyol socialista, l'empresa pública va incrementar les retribucions en un 3,25%. L'exgerent Xavier Sarrà, contra qui també es dirigia la demanda, ha quedat absolt.