Com no podia ser d’una altra manera, l’arribada al poder d’Adolf Hitler i del Partit Nacionalsocialista Alemany dels Treballadors va tenir un gran impacte sobre el futbol germànic. Com també va succeir en pràcticament tots els àmbits de la vida, el Tercer Reich va decidir reestructurar l’esport alemany amb l’objectiu d’alienar-lo amb els principis nacionalsocialistes. 

En aquest sentit, les noves autoritats nazis van establir que els dirigents de les entitats esportives havien de posicionar-se al costat del règim afiliant-se al Partit Nazi. Una mesura que va ser rebutjada pel recentment proclamat president del Borussia, Egon Pentrup, un catòlic sense filiació política que havia accedit al capdavant del club de Dortmund aquell mateix 1933 en què Hitler havia assumit la cancelleria alemanya. El rebuig de Pentrup a afiliar-se al Partit Nazi va comportar la seva destitució i el seu càrrec va passar a ocupar-lo August Busse, que ja havia dirigit el club entre 1928 i l’inici de 1933, que no va dubtar a prendre partit en favor de Hitler i del seu nacionalsocialisme.

Va ser precisament durant el seu mandat i sota el Tercer Reich nazi quan el Borussia va assolir el major èxit del club en les seves gairebé tres dècades d’història, quan va aconseguir l’ascens a la Gauliga de Westfàlia, una de les  competicions en què el règim nazi havia dividit la màxima categoria del futbol alemany. De fet, el Borussia no només hi va ascendir sinó que es va consolidar com un participant habitual d’aquesta lliga on va aconseguir, en diverses ocasions, el subcampionat, superat sempre pel Schalke 04, el seu gran rival regional i el club més llorejat durant el Tercer Reich.

Esportivament parlant, doncs, als de Dortmund no els va anar gens malament durant els anys de la dictadura de Hitler que van coincidir, a més, amb l’inici de la seva professionalització. En l'àmbit social, però, ja va ser tota una altra història. L’ascens a la Gauliga, que es va produir el 1936, va implicar que el Borussia hagués d’abandonar el seu estadi, el Weisse Wiese, que va ser expropiat per les autoritats nazis locals sense que el club rebés cap mena de compensació amb l’objectiu de construir-hi un parc que servís com a pulmó de la ciutat i com a espai recreatiu pels obrers de la zona.

En conseqüència, el 1937, el Borussia va començar a jugar els seus partits com a local a l’estadi Rote Erde que, a diferència del Weisse Wiese, no estava situat al nord de la ciutat sinó al sud d'aquesta. El canvi no va ser només geogràfic sinó que va implicar que el Borussia abandonés el nord obrer que l’havia vist néixer i créixer per instal·lar-se en una zona predominantment burgesa i on les simpaties pel nazisme eren força més abundants que al barri de la Borsigplatz on s’havia creat el club. En certa manera, malgrat que els dirigents del Borussia van tenir una evident complicitat amb les autoritats del Tercer Reich, l’entitat va evitar convertir-se en un "club nazi" a ulls de la societat alemanya de l’època, en bona part perquè va continuar arrelat als barris obrers del nord de Dortmund, que eren considerats com un bastió del moviment antifeixista. 

Certament, doncs, el més acurat és afirmar que el Borussia va tenir dues cares durant el règim nazi. La primera, la que projectaven dirigents com August Busse o Willi Rörh, segurament el directiu del club més proper al Tercer Reich que, a més de militant del Partit Nazi, era també membre de les seves SA, un personatge que no havia dubtat a utilitzar, en reiterades ocasions, la seva influència per alliberar alguns dels principals jugadors de l’equip de complir amb l’exèrcit o amb el servei de treball del règim. Val a dir que a aquesta circumstància hi va ajudar força el fet que bona part dels integrants de la plantilla del primer equip del Borussia estigués també afiliada a les SA nazis.

La segona cara, la que vincula el club amb la resistència antifeixista contra el Tercer Reich, la representa fonamentalment Heinrich Czerkus, el jardiner del club, responsable de la cura de la gespa de l’estadi Weisse Wiese fins al 1936 i que també es va fer càrrec de mantenir el terreny de joc del Rote Erde des de 1937 fins a la data de la seva tràgica mort. 

Més enllà de la seva feina com a jardiner, Czerkus era un destacat militant comunista que, el març de 1933, en unes eleccions municipals celebrades amb Hitler al poder i a les portes de la proclamació del Tercer Reich, va ser escollit com a regidor de l’Ajuntament de Dortmund pel Partit Comunista Alemany, que seria il·legalitzat poc després igual que totes les formacions oposades al nacionalsocialisme.

Amb l’establiment de la dictadura nazi, l’activitat dels comunistes alemanys va passar a ser clandestina i Czerkus va jugar un paper clau en aquesta, dedicant bona part de la seva activitat a la producció i a la distribució de propaganda antifeixista. Una part significativa dels documents clandestins que el jardiner difonia va poder ser reproduïda gràcies al Borussia, ja que Czerkus va utilitzar la multicopista de l’entitat esportiva per imprimir-los.

Malauradament, el jardiner del Dortmund no va poder veure la derrota del nazisme, ja que, el març de 1945, ben a prop del final de la Segona Guerra Mundial i de la desfeta de Hitler, va ser arrestat per la Gestapo en el marc d’una operació contra la resistència comunista clandestina que va deixar el trist balanç de prop de tres-centes persones assassinades, entre elles Heinrich Czerkus.

Un altre militant comunista que havia participat en la resistència clandestina contra el règim nazi i que va ser assassinat durant aquella tràgica primavera de 1945 era Franz Hippler, que també tenia una estreta relació amb el Borussia de Dortmund, ja que exercia com a responsable de la seva secció d’handbol. De fet, Czerkus i Hippler mantenien una gran amistat fruit de la seva militància comunista i de la passió compartida pel Borussia.

Tots dos, juntament amb centenars d’altres socis i simpatitzants anònims del club que també van participar en les activitats de la resistència clandestina al nazisme, representen aquesta segona cara del Borussia que no va abaixar el cap seguint els dictats de Hitler sinó que es va alçar contra la dictadura nazi i la va combatre amb totes les seves forces, pagant sovint amb el preu de la seva pròpia vida.