Babkov va jugar la seva etapa de formació a les categories inferiors del club de la seva ciutat, el Dinamo Novosibirsk. A principis de la dècada de 1990 el jugador va marxar a la lliga d'Alemanya, fitxant per TBB Trier. Allà va convertir-se en el màxim anotador de la temporada 93-94.
Va ser en aquest moment quan el rus va arribar a l'ACB. Primerament, va ser jugador de l'Unicaja entre les temporades del 1994 i el 1999. Va arribar a jugar més de 200 partits amb una mitja de 16,6 punts i un 38% d'encert des de la línia de tres. L'escorta va portar el seu equip a disputar la final de la lliga, la qual va perdre davant del Barça i, així, es va proclamar subcampió amb l'equip de Màlaga.
🖤 El nostre més sentit condol. Descansa en pau, Serguei https://t.co/smflLlKlZQ
— Club Joventut Badalona (@Penya1930) August 21, 2023
Etapa al Joventut
La temporada 1999-2000 Babkov va arribar fins a Badalona per vestir la samarreta de la Penya. La seva última parada a l'ACB la va fer amb el club badaloní i només durant un any, ja que les lesions van fer que se'n tornés a la lliga russa.Internacionalment, també ha sigut un jugador amb una llarga trajectòria. Va disputar 32 partits amb la selecció russa i va aconseguir dues medalles de plata mundials, a més d'una plata i un bronze en diferents campionats Europeus.
El passat mes de maig Babkov va tornar a treure el cap per Màlaga, per veure un dels partits de la semifinal entre l'Unicaja, que havia estat el seu equip, contra el Barça. El club en el qual va jugar cinc temporades ha lamentat la seva mort per xarxes socials i la Penya ha respost, fent el mateix: "El nostre més sentit condol. Descansa en pau, Serguei".
