El 1640, els veïns d'Amer van atacar als terços militars castellans de Juan de Arce, donant lloc a uns violents enfrontaments que culminarien en la Guerra dels Segadors. Justament a l'etapa final d'aquesta guerra, les tropes de Felip IV van assaltar a Amer i van ocupar la vila després d'una sagnant batalla. En venjança, els soldats van dinamitar l'església parroquial, que no va ser reconstruïda.
Amer també va ser escenari de combats durant l'època carlina. El 1849, va ser centre d'operacions de les tropes del general rebel Cabrera.
El 1931, la candidatura d'Esquerra Republicana de Catalunya va assolir el 80% dels vots a eleccions municipals, obrint una etapa democràtica que es tancaria amb la dictadura franquista que, segons les dades disponibles, va desfermar una repressió que va afectar el 9% dels veïns del municipi, entre afusellats i empresonats. Durant la guerra, els edificis religiosos havien estat destruïts pels moviment revolucionari.
