La història recent té sorpreses. El llavors jutge de l'Audiència Nacional Baltasar Garzón va intentar l'octubre de 2002 atribuir a dirigents d'Herri Batasuna, EH i Batasuna pràctiques que suposaven "una autèntica neteja ètnica i ideològica a Euskadi", el que constituïa , al seu parer, un delicte de crims contra la humanitat.

Garzón assegurava que els integrants de la formació il·legalitzada "partint de la manca d'un suport electoral suficient per aconseguir els objectius perseguits" havien posat en marxa aquesta "estratègia de neteja ètnica" i una "depuració del cens electoral".

Així mateix, el magistrat advertia que es tractava d'una "segregació d'una part de la població de dret d'un territori, per raó del seu origen ètnic o geogràfic o de la seva presumpta adscripció ideològica", el que considerava tipificat en el Codi Penal i en l'Estatut de Roma de la Cort Penal Internacional , com a crim contra la humanitat.

Segons els expedients judicials ara recuperats, per Garzón els abertzales "mantenien un clima social de pressió i intimidació per no només aconseguir una hegemonia política nacionalista extrema en tot el territori, sinó a obtenir la segregació del sector no nacionalista de la població amb el propòsit de fer-li insuportable la permanència en aquell territori, que obligaven a abandonar".

Ara la causa del jutge, apartat per prevaricació, d'on surten aquests documents ha acabat en diversos judicis on s'ha processat diversos integrants d'aquestes formacions polítiques.