Els seus últims anys han estat marcats per la guerra de comissaris, l'enfrontament que manté, principalment, amb un altre alt comandament policial, Marcelino Martín-Blas, encarregat d'Afers Interns a la Policia Nacional espanyola i amb els alts càrrecs del CNI. Però també per les operacions policials contra l'independentisme que li haurien encarregat (com ara desplaçar-se a Catalunya per aixecar escàndols dels Pujol) i entorn els casos de corrupció que esquitxen el PP.

Però Villarejo és conegut des d'abans de la Transició. Va començar la seva carrera policial a Sant Sebastià formant part del grup antiterrorista contra ETA entre 1972 i 1975 amb operacions que fregaven la il·legalitat, com queda recollit a l'extens reportatge sobre Villarejo del periodista Álvaro de Cózar. Aquest episodi del podcast, repassa el seu currículum, sempre marcat per operacions arriscades, secretes i, a vegades, tèrboles:

La carrera de Villarejo es va desviar cap a l'activitat empresarial entre 1983 i 1993. Va engegar negocis que anaven des de les tasques d'investigació privades i els serveis jurídics fins a negocis immobiliaris o fins i tot hospitalaris. Amb tot, va acabar acumulant la titularitat de 46 societats que suposaven un patrimoni d'uns 14 milions d'euros segons va xifrar El País. Aquesta "emprenedoria" no va cessar ni tan sols quan es va reincorporar al cos policial estatal el 1993 com a agent encobert per a la secretaria d'Estat d'Interior. 

Fonts policials han explicat a NacióDigital que si bé no és estrany que alguns agents decideixin en un moment donat de la carrera fer el salt al sector privat no ho és tant que tornin. "Era estrany que tornés al cos per cobrar el sou de policia després de fer tants diners", qüestiona un comissari coetani de Villarejo. Paral·lelament, l'excomissari va fundar l'institut jurídic Schola Iuris, per on van passar importants jutges i fiscals de l'Espanya actual, i el diari Información Sensibledes d'on filtra informacions que li interessen o fa córrer falsedats.

Contra Baltasar Garzón

El 1994 el seu nom irromp amb força vinculat a l'informe Veritas destapat per El Mundo, i que recollia informació contra l'exjutge Baltasar Garzón per aturar la seva investigació sobre els GAL. Hauria estat la seva primera aparició davant del gran públic si no fos per una entrevista recuperada pel digital d'Eduardo Inda, un dels seus periodistes de confiança, que va concedir al programa Esta Noche d'una Carmen Maura pre Almodóvar el 1981.

Ell era secretari general del Sindicato Profesional de Policia i en aquella aparició televisiva va defensar la democràcia front al cop d'Estat del 23-F i també va gaudir d'una actuació de l'artista nord-americana Grace Jones, famosa mundialment pel seu paper en una de les pel·lícules de la saga James Bond.

Xoc amb Afers Interns

El seu nom torna a aparèixer arran de l'operació Emperador contra Gao Ping, moment en què comença la seva batalla contra el comissari Martín-Blas. En el transcurs de la investigació contra el grup mafiós xinés que blanquejava capital, va aparèixer un manuscrit amb noms d'agents de la Policia Nacional espanyola i de la Guàrdia Civil. Afers Interns es va encarregar d'investigar els motius de l'existència d'aquest document i va acabar esquitxant un fill de Villarejo, cosa que aquest últim va interpretar com un atac.

L'enfrontament directe entre aquests dos policies, però, va arribar amb l'operació Catalunya, destapada pel Eldiario.es i l'Arai confirmada pel mateix Villarejo davant el jutge. El ministeri de l'Interior, dirigit per Jorge Fernández Díaz, va encarregar a Villarejo que destapés casos de corrupció de polítics independentistes i que, si calia, fabriqués proves falses que alguns mitjans acabarien publicant. El xoc amb Martín-Blas es va produir perquè aquest últim, que suposadament només havia de fer tasques de coordinació amb el CNI, va llogar dos pisos francs a Barcelona i també va començar a captar fonts i Villarejo ho va interpretar com un intent de desbancar-lo. El cas Nicolás va ser la passarel·la per la qual la seva pugna va arribar als tribunals, concretament a l'Audiència Nacional espanyola.

Villarejo es va desplaçar a Catalunya el 2011 seguint, segons ell, instruccions del director de la Policia, Ignacio Cosidó, per aconseguir destapar casos de corrupció dels Pujol, que fins aleshores havien estat "protegits". Un dels fills de Pujol, Josep, va declarar al jutge que el comissari li va oferir tancar els casos si feien una declaració contra el procés sobiranista que el patriarca, l'expresident Pujol, havia animat abans que esclatés el cas de la "deixa" el 2014. De fet, el CNI investiga el paper de Villarejo i la seva policia patriòtica en alguns dels casos que s'han desinflat. En qualsevol cas Fernández Díaz el va condecorar el 2015 amb una medalla amb pensió per la seva feina a Catalunya, però l'exministre sempre ha defugit l'assumpte.

El cas Lezo, Villar Mir i l'apuñalament d'una dermatòloga

Actualment, Villarejo té diversos fronts judicials oberts. Al seu enfrontament amb Martín-Blas, s'hi afegeix el cas Lezo, al qual pretén personar-se. L'expresident de la Comunitat de Madrid, Ignacio González, el va citar el novembre de 2011 en una cafeteria per mirar d'aturar les investigacions judicials contra ell. Villarejo va gravar la conversa i la va entregar al seu superior jeràrquic juntament amb un informe on ja apuntava irregularitats en la gestió de Canal Isabel II, l'empresa pública de gestió de l'aigua a Madrid.

A banda, Villarejo està investigat per un suposat apunyalament -que no va ser fatal- a una dermatòloga anomenada Elisa Pinto. Aquesta, al seu torn, havia acusat d'assetjament a l'empresari Javier López Madrid, el "compi yogui" dels reis Felip i Letícia. Pinto va identificar Villarejo com el seu agressor en seu judicial. El cas agafa volada tenint en compte les relacions de López Madrid. La pudor de clavegueram puja cap amunt i es fa evident fins a quin punt Villarejo torna a la policia per encarregar-se dels temes més sensibles.