A part del ministeri públic, els Mossos d'Esquadra també han obert una investigació interna, ja que dos dels acompanyants eren dos agents del cos. La direcció general de la Policia catalana vol saber si han estat fent tasques d'escorta en períodes de permís i vacances.

Diversos mitjans de comunicació han explicat que un dels agents va viatjar a Finlàndia amb Puigdemont i el seu amic Josep Maria Matamala. L'altre agent va sortir divendres de Bèlgica cap a Suècia amb el cotxe que habitualment fa servir el president a Waterloo, i probablement anava acompanyat d'un altre amic de Puigdemont, l'historiador Josep Lluís Alay. Tots cinc es van trobar a Suècia i van emprendre el viatge cap a Bèlgica altre cop per evitar l'ordre europea de detenció. Tots cinc, però, van ser interceptats per la policia germànica dins del cotxe.

Al febrer Interior ja va obrir una investigació interna per saber si els agents de seguretat que envoltaven Carles Puigdemont a Bèlgica són membres dels Mossos d'Esquadra. Un dels escortes inicials sí que és mosso i ha estat expedientat. Ara es vol saber si la quinzena d'agents que protegeixen el president destituït també són policies catalans que viatgen a Brussel·les per oferir els seus serveis d'escorta aprofitant quan tenen dos o tres dies de festa.

La Divisió d'Afers Interns (DAI) va obrir una informació reservada i va proposar a mitjans de gener obrir un expedient disciplinari al mosso que va aprofitar les seves vacances i un permís per fer d'escorta personal de Puigdemont i probablement el va ajudar a sortir de Catalunya i arribar a Brussel·les. L'agent ha estat apartat de la unitat d'escortes i quan es reincorpori ho farà a l'àrea de seguretat ciutadana, però ara està de baixa mèdica. Fa unes quantes setmanes la DAI va prendre declaració a un altre policia que va negar la seva participació davant afers interns.