27
d'abril
del
2022
Actualitzat
a la
13:39h
En el joc Genigma, per una banda tenim científics d'equips de centres de recerca que estudien el càncer, una malaltia genètica provocada per determinats canvis en els gens que controlen la forma com funcionen les cèl·lules, especialment com creixen i es divideixen. Per a esbrinar-ho, els investigadors cultiven cèl·lules en condicions controlades de laboratori. De les seqüències genètiques obtingudes, volen detectar en què es diferencien determinats fragments del genoma de cèl·lules canceroses i de sanes. Ara bé, el «mapa genètic» que els orienta s'ha obtingut d'individus sans; de manera que en confrontar les línies cel·lulars no sempre es poden trobar referències per establir les diferències. Calia elaborar un «mapa» del genoma específic per a les línies de cèl·lules canceroses que es fan servir en el laboratori.
De l'altra banda, tenim ciutadans que juguen amb els seus telèfons mòbils per passar el temps...per què no apel·lar-los per col·laborar en la recerca? En determinades ocasions els científics demanen la participació activa de la ciutadania per generar nou coneixement en les diferents etapes del procés de recerca; d'això se'n diu ciència ciutadana. La participació pot ser imprescindible per a aconseguir dades —persones n'hi ha tothora a tot arreu, mentre que científics no—, o bé per processar-les; aleshores és un proveïment participatiu. Altres vegades, es demana participació per a la interpretació de dades en una intel·ligència distribuïda. Quan es defineixen problemes, reptes, objectius i captació de dades, és ciència participativa. Quan es col·labora amb científics en el disseny de la recerca que s'ha de dur a terme, és ciència col·laborativa.
Fa tres mesos, investigadors del càncer de dos centres de recerca de Barcelona van llançar el joc Genigma, un projecte de ciència ciutadana per a explorar el genoma del càncer. Aquest joc per a telèfons mòbils explora les alteracions genòmiques en cèl·lules canceroses, i ha estat desenvolupat per investigadors del Centre de Regulació Genòmica (CRG) i del Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica (CNAG-CRG), ambdós de reconegut prestigi internacional. I la ciutadania s'han involucrat en la construcció dels mapes genòmics de referència que han de permetre comprendre quines parts del genoma humà juguen un paper fonamental en l'establiment i desenvolupament del càncer. Genigma és finançat per ORION, un projecte de 4 anys del programa Horizon 2020 de la Unió Europea.
Els jugadors de Genigma han de resoldre trencaclosques formats per cadenes de blocs de diferents colors. En cada enigma, el fil representa el filament del cromosoma i els blocs, fragments de seqüències genètiques ancorades a ell. L'objectiu del jugador és reorganitzar els blocs per a obtenir la puntuació més alta possible. En moure els blocs la puntuació varia; en aconseguir la seqüència alineada en l'ordre correcte, el jugador aconsegueix la màxima puntuació. Les primeres passes en el joc poden ser aleatòries, però orienten els jugadors a calibrar l'estil, fins que troba la mateixa estratègia i descobreix les pistes proporcionades per a guiar l'ull (colors i puntuacions individuals dels blocs) per a trobar l'ordre correcte de la seqüència. En la part superior de la pantalla s'indica la puntuació màxima. Quan t'hi poses, és intuïtiu de jugar.
Les persones que juguen a Genigma identifiquen possibles reordenaments cromosòmics en el genoma del càncer. És a dir, les regions en el material genètic de les cèl·lules canceroses que mostren anomalies, comparades amb les mateixes regions en cèl·lules que no tenen la malaltia. Trobar les cadenes reordenades de les cèl·lules malaltes, finalment pot desemmascarar la seqüència genòmica, i proporcionar el mapa genòmic de referència. El mapa de referència és un recurs que beneficiarà els esforços de recerca mundials que depenen del coneixement de la seqüència genòmica per a estudiar el comportament de la malaltia i provar nous medicaments per a tractar-la.
En els primers tres mesos de joc, les dades científiques generades pels jugadors han permès l'equip científic d'analitzar el 69% del genoma de línies cel·lulars canceroses. Des del 27 de gener, quan es va obrir el joc, hi han participat més de 36.000 jugadors de 154 països diferents, que han enviat 532.992 solucions de 5.472 trencaclosques diferents. S'han analitzat 11 cromosomes per complet i s'han identificat 138 zones Eureka!, regions d'interès especial en una de les línies cel·lulars de càncer de mama més estudiades, la T47D; per això seran objecte detallat d'estudi per l'equip científic, que anirà molt més enfocat i guanyarà temps de recerca.
A partir d'aquesta setmana, l'equip de Genigma posa a la disposició de qui vulgui jugar 1.152 trencaclosques nous, els que resten per resoldre. A causa de la resposta obtinguda, confien de poder aconseguir l'objectiu en un temps breu. L'equip està especialment agraït amb les persones que s'han esforçat per resoldre els trencaclosques més complexos. Però volen fer palès que totes les estratègies de joc que comparteixen els qui juguen proporcionen informació valuosa que, quan s'hagi completat l'anàlisi de tot el genoma, podria ser utilitzada per a entrenar una Intel·ligència Artificial que permeti continuar accelerant la recerca contra el càncer de mama.
De l'altra banda, tenim ciutadans que juguen amb els seus telèfons mòbils per passar el temps...per què no apel·lar-los per col·laborar en la recerca? En determinades ocasions els científics demanen la participació activa de la ciutadania per generar nou coneixement en les diferents etapes del procés de recerca; d'això se'n diu ciència ciutadana. La participació pot ser imprescindible per a aconseguir dades —persones n'hi ha tothora a tot arreu, mentre que científics no—, o bé per processar-les; aleshores és un proveïment participatiu. Altres vegades, es demana participació per a la interpretació de dades en una intel·ligència distribuïda. Quan es defineixen problemes, reptes, objectius i captació de dades, és ciència participativa. Quan es col·labora amb científics en el disseny de la recerca que s'ha de dur a terme, és ciència col·laborativa.
Fa tres mesos, investigadors del càncer de dos centres de recerca de Barcelona van llançar el joc Genigma, un projecte de ciència ciutadana per a explorar el genoma del càncer. Aquest joc per a telèfons mòbils explora les alteracions genòmiques en cèl·lules canceroses, i ha estat desenvolupat per investigadors del Centre de Regulació Genòmica (CRG) i del Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica (CNAG-CRG), ambdós de reconegut prestigi internacional. I la ciutadania s'han involucrat en la construcció dels mapes genòmics de referència que han de permetre comprendre quines parts del genoma humà juguen un paper fonamental en l'establiment i desenvolupament del càncer. Genigma és finançat per ORION, un projecte de 4 anys del programa Horizon 2020 de la Unió Europea.
Els jugadors de Genigma han de resoldre trencaclosques formats per cadenes de blocs de diferents colors. En cada enigma, el fil representa el filament del cromosoma i els blocs, fragments de seqüències genètiques ancorades a ell. L'objectiu del jugador és reorganitzar els blocs per a obtenir la puntuació més alta possible. En moure els blocs la puntuació varia; en aconseguir la seqüència alineada en l'ordre correcte, el jugador aconsegueix la màxima puntuació. Les primeres passes en el joc poden ser aleatòries, però orienten els jugadors a calibrar l'estil, fins que troba la mateixa estratègia i descobreix les pistes proporcionades per a guiar l'ull (colors i puntuacions individuals dels blocs) per a trobar l'ordre correcte de la seqüència. En la part superior de la pantalla s'indica la puntuació màxima. Quan t'hi poses, és intuïtiu de jugar.
Les persones que juguen a Genigma identifiquen possibles reordenaments cromosòmics en el genoma del càncer. És a dir, les regions en el material genètic de les cèl·lules canceroses que mostren anomalies, comparades amb les mateixes regions en cèl·lules que no tenen la malaltia. Trobar les cadenes reordenades de les cèl·lules malaltes, finalment pot desemmascarar la seqüència genòmica, i proporcionar el mapa genòmic de referència. El mapa de referència és un recurs que beneficiarà els esforços de recerca mundials que depenen del coneixement de la seqüència genòmica per a estudiar el comportament de la malaltia i provar nous medicaments per a tractar-la.
En els primers tres mesos de joc, les dades científiques generades pels jugadors han permès l'equip científic d'analitzar el 69% del genoma de línies cel·lulars canceroses. Des del 27 de gener, quan es va obrir el joc, hi han participat més de 36.000 jugadors de 154 països diferents, que han enviat 532.992 solucions de 5.472 trencaclosques diferents. S'han analitzat 11 cromosomes per complet i s'han identificat 138 zones Eureka!, regions d'interès especial en una de les línies cel·lulars de càncer de mama més estudiades, la T47D; per això seran objecte detallat d'estudi per l'equip científic, que anirà molt més enfocat i guanyarà temps de recerca.
A partir d'aquesta setmana, l'equip de Genigma posa a la disposició de qui vulgui jugar 1.152 trencaclosques nous, els que resten per resoldre. A causa de la resposta obtinguda, confien de poder aconseguir l'objectiu en un temps breu. L'equip està especialment agraït amb les persones que s'han esforçat per resoldre els trencaclosques més complexos. Però volen fer palès que totes les estratègies de joc que comparteixen els qui juguen proporcionen informació valuosa que, quan s'hagi completat l'anàlisi de tot el genoma, podria ser utilitzada per a entrenar una Intel·ligència Artificial que permeti continuar accelerant la recerca contra el càncer de mama.