Una de les vies que va fer servir l'Estat per tenallar els dirigents del procés va ser la pressió judicial a través del Tribunal de Comptes. És on s'hi va dirimir, en essència, les despeses que havien tingut a veure amb l'acció exterior de la Generalitat, ja en temps d'Artur Mas al Palau de la Generalitat, i havien arribat a afectar pràcticament un centenar d'alts càrrecs. Un total de 35 van ser enviats a judici, i encara estaven pendents de si se'ls aplicava l'amnistia. Segons ha avançat aquest dijous el programa El Matí de Catalunya Ràdio, ja poden respirar tranquils: el Tribunal de Comptes ha decidit que entren dins la norma i que, per tant, decauen les causes pendents que encara tenien a l'organisme.  

La decisió arriba pràcticament dos mesos després de l'aval europeu a la llei d'amnistia. En aquell moment, però, el tribunal va descartar aplicar-la immediatament, tot i que la resposta del Tribunal de Justícia de la Unió Europea (TJUE) a les qüestions prejudicials que havia plantejat el Tribunal de Comptes era molt clara. Es referia a les despeses pel referèndum i la promoció exterior del procés, que la Fiscalia xifra entre tres i cinc milions d'euros. El Tribunal dubtava si podien afectar els interessos financers europeus, però el TJUE ho nega. En la causa hi ha una trentena d'exalts càrrecs dels governs d'Artur Mas i Carles Puigdemont, com Oriol Junqueras, Francesc Homs, Toni Comín i Lluís Puig.

El Tribunal de Comptes va celebrar el judici però va suspendre la sentència fins que es pronunciés el TJUE. Societat Civil Catalana, que és acusació, demana 5,3 milions a la trentena d'exalts càrrecs de l'1-O. La Fiscalia situava aquesta xifra en els tres milions d'euros, però posteriorment va demanar l'aplicació de l'amnistia per a tots els encausats.  La vista oral ja es va fer, però la sentència va quedar pendent de la possible amnistia i les qüestions prejudicials. La Generalitat va presentar a finals de juliol un escrit per tal que l'organisme apliqués la llei d'amnistia als dirigents jutjats amb l'argument que, després de la decisió del TJUE, calia procedir al "tancament definitiu" del procediment.